Die Problematik nicht heimischer Pflanzenarten und deren Ausbreitung gewinnt in der Betreuung der Schutzgebiete zunehmend an Bedeutung. Auch in den Schutzgebieten des Naturparks Kaunergrat bzw. in der Naturparkregion gibt es Problembereiche. Ein Managementplan für die gesamte Region soll Abhilfe schaffen.

Entlang der Hauptverkehrsrouten, an Fließgewässern, über Deponien oder durch absichtliche Bepflanzungen gelangen immer mehr gebietsfremde Arten in natürliche Lebensräume und breiten sich teils massiv aus. Im Rahmen des Projektes „Neophyten“ sollen problematische Pflanzenarten in der Naturparkregion erhoben und ein Managementplan zur Bekämpfung problematischer Arten erstellt werden. Vor allem betroffene Schutzgebiete sowie die mit ihnen unmittelbar in Verbindung stehenden Lebensräume als auch andere gefährdete Landschaftsbereiche (typische Ausbreitungszonen) in der Region sollen betreut werden. Die Gemeinden als auch die breite Öffentlichkeit wird im Zuge des Projektes hinsichtlich der Problematik eingeschleppter Pflanzenarten informiert und zur aktiven Mitarbeit angehalten.